就业协议与劳动合同均为用人单位与劳动者确立劳动关系的协议。但它们是两种不同类型的协议。其主要区别在于：

（1）两者的作用不同。就业协议专指为维护国家就业计划的严肃性，明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，作为办理报到、接转行政和户口关系的依据；而劳动合同是指劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利与义务的协议，是劳动者从事何种岗位、享受何种待遇等权利和义务的依据。

（2）两者的主体不同。就业协议由毕业生、用人单位、学校三方协商签订；而劳动合同由劳动者与用人单位签订，这些劳动者既可以是高校毕业生，也可以是其他人，学校不是劳动合同的主体也不是劳动合同的见证方。

（3）两者的内容不同。就业协议是高校毕业生与用人单位签订的初次工作协议，其主要意义在于将毕业生与用人单位双方互相选择的关系确定下来，一般并没有详细规定双方具体的权利与义务；而劳动合同则指用人单位在劳动者确定工作关系之后签订的关于双方权利与义务的协议。劳动合同具体内容包括：劳动合同期限，工作内容，劳动保护和劳动条件，劳动报酬，社会保险和福利，劳动纪律，劳动合同终止的条件，违反劳动合同的责任等。因此，毕业生与用人单位签订了就业协议不能等同于签订了劳动合同，毕业生与用人单位在签订就业协议 之后，还必须签订劳动合同，以保护自己的合法权益。目前的实际情况是，通常毕业生到单位工作后，双方才签订劳动合同。

（4）两者的法律效力、效力时段不同。就业协议是依据1989年3月2日教育部颁布的《高等学校毕业生分配制度改革方案》和1997年国家教委制定的《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》，而劳动合同则依据于1995年实施的《劳动法》。前者属部颁规章，后者属于国家基本法律，部门规章的法律效力低于国家劳动基本法律。就业协议的效力始于签订之日，终于学生到工作岗位报到之时。一般就业协议的作用仅限于对学生就业过程的约定，一旦毕业生到用人单位报到，就业协议的使命也就完成了。就业协议不能替代劳动合同，不是确定劳动关系的凭证。

（5）两者发生问题处理的部门不同。在毕业生就业协议发生问题、需要处理时，一般首先由毕业生和用人单位进行协商，如果取得一致意见，则报送毕业生所属的学校的学校主管部门，由学校主管部门审查认可后，报上级主管部门批准，予以调整。而若劳动合同发生问题，则毕业生和用人单位需要向劳动争议调解委员会或劳动仲裁机构报送，请求处理，还可以根据《中华人民共和国劳动法》处理劳动纠纷。